Elokuvat

Ottelunsa jälkeen Jimmy suuntaa läheiseen Pokémon-keskukseen, missä törmää vanhaan tuttuunsa Marinaan, joka puhuu puhelimessa Jimmyllekin tutun Vincentin kanssa. Marina lopettaa puhelun, mutta Vincent ehtii juuri mainita Jimmylle, ettei tämän tule koskea Marinaan, koska Vincent aikoo tehdä hänestä tyttöystävänsä. Pokémon-keskuksen ulkopuolella Marina ja Jimmy keskustelevat seikkailuistaan, kunnes ajautuvat ottelemaan keskenään. Ottelun aikana ukkospilvet kerääntyvät ja yhtäkkiä voimakas salama iskeytyy keskelle otteluareenaa. Jimmy käskee Pokémoneja palaamaan Pokémon-keskukseen, mutta hämillään ne juoksevat väärään suuntaan.

Jimmy ja Marina seuraavat Pokémonejaan, ja löytävät pian Miracle Crystalin, joka imee sähköenergiaa ympäriltään. Juuri se on muodostanut ukkospilvet taivaalle. Rakettiryhmän Hun ja Attila yrittävät houkutella legendaarista Raikouta esiin, ja kun villi-Pokémoneille on käydä köpelösti, tämä ilmestyykin tumman ukkospilven saattelemana. Raikou pelastaa villi-Pokémonit ja hyökkää Hunia ja Attilaa vastaan, vain huomatakseen sähköhyökkäystensä imeytyvän kristalliin. Raikou saadaan kiikkiin, jolloin Jimmy juoksee esiin tarkoituksenaan pelastaa Raikou.

Alkaa suuri ottelu Jimmyn ja Rakettiryhmän välillä. Jimmy on jo häviöllä, kunnes Marina tulee auttamaan, ja Rakettiryhmän aikeet kaapata Raikou pysäytetään toistaiseksi. Raikou on lähtemäisillään, kun Jimmy lähestyy sitä, aikomuksenaan viedä se parantumaan haavoistaan Pokémon-keskukseen. Raikou hyökkää Jimmyä kohti, mutta tämä ei luovuta. Lopulta Raikou lysähtää maahan, ja Jimmy saa sen vietyä Pokémon-keskukseen parantumaan. Huhut legendaarisesta Pokémonista leviävät ja kaikki haluavat nähdä sen, mutta Raikoun annetaan levätä rauhassa keskuksen takahuoneessa.

Rakettiryhmän korjatessa rikkoutunutta konettaan, Marina yrittää piristää huolestunutta Jimmyä. Pian innokas mies nimeltä Eusine ilmestyy huoneeseen ja vaatii nähdä Raikoun. Eusinen perästä tulee tiedemies Kudo. Eusine kertoo Raikoun olevan legendaarinen Pokémon, joka hallitsee ukkosta ja salamoita, ja sen vuoksi ihmiset ovat yrittäneet pyydystää sitä. Tämän vuoksi Raikou ei luota ihmisiin, ja pitää kaikkia ihmisiä pahoina. Jimmy kuitenkin uskoo, että Raikou osaa aistia, ketkä ovat hyviä ja ketkä pahoja.

Seuraavana aamuna Raikou on kerännyt voimia tarpeeksi, ja karkaa Pokémon-keskuksesta suoraan Rakettiryhmän ansaan. Jimmy ja Marina seuraavat sitä Eusinen autolla. Raikoun hyökkäykset ovat jälleen tehottomia kristallin imetessä kaiken sähköenergian, jolloin Jimmy haukkuu Hunia ja Attilaa raukkamaisiksi. Tällöin Jimmyä ja Marinaa kohti hyökätään niin, että suuri kivenlohkare on pudota heidän päälleen. Yhtäkkiä kivi kuitenkin tuhoutuu, ja Vincent tulee esiin. Vincent auttaa parhaansa mukaan Raikoun vapauttamisessa, mutta tulos on aika mitäänsanomatonta. Pian Raikou on heikentynyt niin, että Attila saa sen pyydystettyä suuren kuplan sisälle. Kupla imee sähköenergiaa yhä enemmän, jolloin Jimmy, Marina ja Vincent yhdistävät voimansa ja saavat kuplan rikottua. Attila kuitenkin ehtii napata Raikoun lentokoneen lastiruumaan, ja myös Marina joutuu lukkojen taakse. Attila lentää tiehensä jättäen Jimmyn ja Vincentin taakseen.

Raikou yrittää rikkoa lastiruuman ovea ja paeta, mutta epäonnistuu. Raikou irrottaa epähuomiossa lattiasta palasen, jonka alta löytyy johtoja. Marina katkaisee muutamat johdot, jolloin ovi aukeaa. Marina itse ei selviä pudotuksesta, mutta hän kehottaa Raikouta hyppäämään ulos vapauteen. Attila huomaa oven avautuneen, ja käynnistää virrat päälle niin, että ovi alkaa jälleen sulkeutumaan. Raikou ehtii kuitenkin juuri hypätä pois, jättäen Marinan yksin lukkojen taakse.

Vincentin panikoidessa Jimmy yrittää ottaa yhteyttä Marinaan PokéGearin avulla, mutta turhaan. Pian kristalli aktivoituu jälleen, ja Jimmy, Vincent ja Eusine rientävät sen luokse. He huomaavat Attilan sekä sidotun Marinan, mutta Raikouta ei näy missään. Pian se kuitenkin ilmestyy vahvempana kuin koskaan, koska se ei ole joutunut kristallin energiaimun säteelle. Raikou hyökkääkin kohti Attilaa ja Hunia, ja onnistuu tuhoamaan näiden koneiden ohjelmointipaneelit. Kristalli ei silti lakkaa toimimasta, koska siihen on kytketty automaattinen käynnistysmekanismi, jolloin sen voima vain kaksinkertaistuu! Näinpä Raikou ei pysty hyökkäämään kunnolla, vaan menettää vähitellen voimiaan, ja on lopulta niin uupunut, että Hun ja Attila onnistuvat pyydystämään sen jälleen.

Jimmy ystävineen kutsuvat Pokémoninsa taas apuun, mutta Eusine varoittaa kristallin tuhoamisesta. Sen tuhoaminen tässä tilassa aiheuttaisi suuren räjähdyksen, josta edes Raikou ei selviäisi hengissä. Yhdessä kouluttajat päättävät kuitenkin koettaa pelastaa Raikou "kaikki tai ei mitään"-periaatteella. Pokémonit ryhtyvät taisteluun Rakettiryhmän Pokémoneja vastaan, ja samaan aikaan Raikou vähitellen herää. Taistelun keskellä Jimmy, Marina ja Vincent yrittävät tuhota kristallia, mutta se osoittautuukin hankalammaksi kuin ajateltu. Pian Hunin Steelix hyökkää heitä kohti, mutta samassa Raikou hyökkää kohti Steelixiä, aiheuttaen samalla halkeaman kristalliin. Attila ja Hun huomaavat kohdanneen vertaisensa, ja päättävät karata.

Jimmyn, Marinan ja Vincentin juhliessa Raikou tuhoaa kristallin lopullisesti. Ystävykset kiittävät Raikouta avusta, ja toteavat, etteivät tule koskaan unohtamaan tätä. Raikou jatkaa matkaansa, ja niin tekevät myös Jimmy, Marina ja Vincent. He kaikki lähtevät eri reiteille, mutta tietävät kohtaavansa vielä jonakin päivänä uudestaan.