Elokuvat

Giovanni ei ole koskaan unohtanut Mewtwon petollisuutta ja on päättänyt vangita sen jälleen itselleen. Hän saa selville Mewtwon uuden olinpaikan ja lähettää Rakettiryhmän jäseniä matkaan pitämään huolen siitä, että Mewtwo saadaan aisoihin.

Ash, Misty ja Brock ovat matkallaan juuri Mt. Quenan lähistössä. Hirveät sääolot ja bussiliikenteen epävarmuus pakottavat heidät jäämään läheiseen majaan, luonnonoloja tutkivan Luna Carsonin luokse. Pian he saavat seuraa myös tutkija Cullen Calixista sekä pirtsakasta Domino-tytöstä. Pian Rakettiryhmän Jessie, James ja Meowth hyökkäävät majaan yrittäen napata jälleen Pikachun, mutta lopulta suuri ilmavirtaus vie kuumailmapallon mukanaan kyydissään paitsi Rakettiryhmä, niin myös Ash ja muut majassa olevat henkilöt.

Kuumailmapallo leijailee Mt. Quenan yläpuolelle, missä kaikki näkevät Rakettiryhmän iskujoukkojen lähestyvän. Domino paljastaa olevansa Rakettiryhmän jäsen Agentti 009 - tai omien sanojensa mukaan, Musta Tulppaani. Domino puhkaisee ilmapallon ja lennättää joukon kohti vuoren rinnettä. Domino itse suuntaa Giovannin koneeseen raportoimaan Mewtwon tilanteesta.

Pikachu ja Rakettiryhmän jäsenet ovat lentäneet suoraan Mewtwon saarelle samalla kun Ash ja muut päättävät rakentaa kanootin päästäkseen saarelle. Pikachu ja Rakettiryhmä kohtaavat joukon klooni-Pokémoneja, jotka ovat päättäneet taistella Giovannia vastaan. Rakettiryhmä suljetaan häkkiin ja Pikachu ja Meowth päättävät auttaa klooni-Pokémoneja taistelussaan. Pian Giovanni hyökkää ja Ash kumppaneineen joutuvat kaiken keskipisteeseen. Giovanni vangitsee joukon klooni-Pokémoneja, mutta Mewtwo saa ne vapaaksi.

Lopulta Giovanni onnistuu päihittää Mewtwo uhkailemalla pyydystää klooni-Pokémonit jos Mewtwo ei tottele. Giovanni näyttää esimerkin Pikachulla ja klooni-Pikachulla, hyökäten niihin jättäen ne voimattomiksi. Ash kumppaneineen sekä klooni-Pokémonit ovat nyt Giovannin alaisuudessa ja hänen suunnitelmansa onnistui. Giovanni alkaa rakentamaan uutta Rakettiryhmän tukikohtaa saarelle samalla kun Mewtwo on vankina kahden laitteen välissä, jotka imevät Mewtwosta energiaa.

Ash ja muut sekä klooni-Pokémonit suljetaan häkkiin missä Ash kohtaa Pikachun jälleen. Giovanni kokee pian elämänsä yllätyksen, kun saarta ja järkevä ympäröivän metsän Pokémonit ilmestyvät saarelle ja sabotoivat Rakettiryhmän tukikohtaa, joka on saastuttanut järven puhtaan veden. Kaaoksen keskellä Ash ja muut pystyvät pakenemaan.

Ash rientää Mewtwon luokse, eikä muista aiemmin kohdanneensa sitä. Ash päättää kuitenkin auttaa Mewtwota, koska tämä auttoi Pikachua aikaisemmin. Ash, Pikachu ja Brock iskevät laitteisiin ja lopulta saavat ne sammumaan. Mewtwo on erittäin heikko laitteen imettyä siitä niin paljon energiaa, mutta Ash päättää kantaa Mewtwon pois Giovannin luota samalla kun muut pitävät Rakettiryhmän pois Ashin ulottuvilta.

Kun Ash kantaa Mewtwota, tämä kysyy Ashilta, miksi Ash auttaa sitä. Ash selittää Mewtwon auttaneen Pikachua aikaisemmin, eikä aina tarvitse olla syytä auttaakseen. Mewtwo kertoo Ashin olevan ainoa kaltaistensa joukossa, mutta Ash toteaa kaltaisiaan löytyvän paljonkin. Kun Ash vihdoin saapuu saaren sydämeen, pienen lähteen ääreen, Ash heittää Mewtwon lähteeseen, vaikka kaikki pelkäävät Mewtwon saastuttavan puhtaan veden. Lähteellä on parantava vaikutus Pokémoneihin, ja vedessä Mewtwo tajuaa vihdoin todella olevansa oikea Pokémon, sillä vesi vaikuttaa siihen kuten muihinkin Pokémoneihin. Pian Mewtwo nousee vedestä täysissä voimissaan ja käyttää kaiken voimansa siirtääkseen lähteen ja järven piiloon.

Kun Mewtwo uhkaa tyhjentää kaikkien muistikuvat tapahtuneesta, Ash ja muut protestoivat. Klooni-Pokémonien täytyy muistaa menneisyytensä, jotta niillä on mahdollisuus tulevaisuuteen. Ash vannoo pitävänsä paikan salassa, Brock puolestaan huomauttaa, että tapahtumat ovat kuitenkin tapahtuneet, eikä sitä muuta mikään.

Mewtwo käsittää heidän olevan oikeassa, ja tyhjentää vain Giovannin ja Rakettiryhmän muistikuvat tapahtuneesta. Samalla Mewtwo lähtee viettämään itsenäistä elämää, kun sen klooni-Pokémonit ovat saaneet mahdollisuuden elää vapaasti luonnossa. Mewtwo lähettää Ashin kumppaneineen sekä Rakettiryhmän pois saarelta ja myöhemmin, Ashin kävellessä kadulla, hän luulee kuulleensa Mewtwon äänen. Ash ei kuitenkaan osaa sanoa, oliko se totta vai vain muisto.