Elokuvat

Samaan aikaan Ash, Misty ja Brock saapuvat Altomaren kaupunkiin, missä Ash ja Misty ottavat osaa suureen Pokémon-uintikilpailuun. Ash ja Misty ovat kisan kärkipäässä, mutta yhtäkkiä kaksi näkymätöntä Pokémonia häiritsevät Ashin kilpailua. Niinpä Misty vie voiton ja saa palkinnoksi gondoliajelun kaupungin vesireiteillä. Samalla ystävyksille kerrotaan kaupungin vartijoista, Latioksesta ja Latiaksesta.

Myös Rakettiryhmä on kaupungissa, mutta sen sijaan että he seuraisivat Ashia ja kumppaneita, he kiinnittävät huomiota kollegoihinsa, Annieen ja Oakleyyn. Rakettiryhmä seuraa heitä ja saa selville, että he tarkkailevat nuorta tyttöä. Tyttö on oikeasti Latias, joka pystyy muuttamaan muotoaan. Annie ja Oakley käyttävät Pokémonejaan, Espeonia ja Ariadosta kaappaamaan tytön, mutta Ash sattuu paikalle ja selvittää tilanteen. Latias puolestaan auttaa Ashin tukalasta tilanteesta, kunnes lopulta katoaa.

Ash, Misty ja Brock vierailevat kaupungin museossa, missä he tapaavat kuraattori Lorenzon. Lorenzo kertoo heille kaupungin historiasta: paha hallitsija rankaisi kaupungin asukkaita vahvoilla Pokémoneillaan, Kabutopsilla ja Aerodactylilla. Legendaarinen Latios toi kaupunkiin kuitenkin veden, joka upotti fossiili-Pokémonit jättäen jälkeensä vain niiden jäänteet, jotka nyt löytyvät museon lattialta. Lorenzo näyttää kumppaneille myös puolustusmekanismi-laitteen, mutta Ash ei saa silmiään irti tytöstä, joka muistuttaa paljon Latiasta ihmismäisessä muodossaan.

Ash ja Pikachu seuraavat tyttöä ja lopulta törmäävät Latiakseen, joka johdattaa heidät salaiseen, kauniiseen puutarhaan. Puutarhassa Latios, sekä oikea tyttö, Bianca, eivät ota vierasta avosylin vastaan. Lorenzo, Biancan isoisä, saapuu paikalle ja rauhoittaa tilanteen. Pikachun leikkiessä Latiaksen kanssa, Lorenzo selittää Ashille lisää Altomaren historiasta. Alkuperäinen Latios kuoli pelastaessaan kaupungin, ja jälkeen jäivät vain nykyiset Latios ja Latias. Soul Dew-esine sisältää alkuperäisen Latioksen sielun, ja sitä säilytetään samaisessa puutarhassa. Esineen katoaminen merkitsisi kaupungin tuhoutumista.

Ash ja Bianca lähtevät, mutta samana iltana, Annie ja Oakley kaappaavat Soul Dewn itselleen. Lorenzo ja Bianca pystyvät seuraamaan heitä museolle asti, missä Annie ja Oakley aikovat käyttää Soul Dewtä puolustuskoneen käynnistämiseen. Latias ilmoittaa asiasta Ashille, ja Pikachu mukanaan kolmikko suuntaa kohti museota. He rientävät pitkin kaupunkia henkiinherätettyjen fossiili-Pokémonien jahdatessa heitä. Saapuessaan museolle he huomaavat, että kone imee Latioksen energiaa ja vähitellen tilanne alkaa pahentua. Misty ja Brock saapuvat museolle ja auttavat Latioksen pelastamisessa ja koneen sammuttamisessa. Soul Dew-esine kuitenkin särkyy kaikessa häslingissä, ja kaikki kaupungin vesi katoaa.

Ulkona kouluttajat huomaavat, että kadonnut vesi on muodostanut massiivisen hyökyaallon, joka suuntaa kohti kaupunkia. Latios ja Latias suuntaavat merelle pysäyttämään sen. Ne käyttävät kaiken voimansa aallon pysäyttämiseen, ja onnistuvatkin lopulta siinä. Latios menettää henkensä pelastaessaan kaupungin ja katoaa kun on hyvästellyt Latiaksen. Latioksen sielusta muodostuu uusi Soul Dew, joka asetetaan puutarhaan.

Seuraavana päivänä Ash, Misty ja Brock ovat lähdössä Altomaresta ja hyvästelevät Lorenzon. He huomaavat myös nuoren tytön vilkuttavan heille, joka rientää pian Ashin luokse ja antaa hänelle piirroksen. Samalla hän, kaikkien yllätykseksi, suutelee Ashia. Sekä Misty että Brock miettivät, oliko suudelma oikealta Biancalta vai Latiakselta ihmismuodossa. Joukko lähtee kaupungista samalla, kun puolustuskoneen sisälle jumiin jääneet Annie ja Oakley pelastetaan koneen sisältä ja passitetaan vankilaan.