Elokuvat

Samaan aikaan erikoinen, muotoaan vapaasti muuttava Pokémon, Zoroark, makaa suuren ilma-aluksen kyydissä, yhdessä suojattinsa Zoruan kanssa. Pian ne kohtaavat televisiossa esiintyneen miehen, liikemies Grings Kodain ja tämän sihteerin Rowenan. Kodai testaa Zoroarkin illuusiokykyjä antamalla tämän taistella Raikouta, Enteitä ja Suicunea vastaan. Kesken harjoituksen Kodain kätyri Goone ilmoittaa Crown Cityn siintävän edessä. Tyytyväisenä lopputulokseen Kodai keskeyttää harjoituksen ja nappaa Zoruan pois emonsa lähettyviltä - vain näin tekemällä Kodai pystyy täysin kontrolloimaan Zoroarkia. Muiden tietämättä Zorua onnistuu kuitenkin karkaamaan aluksesta, ja putoaa yläilmoista alas maanpinnalle, lähelle Crown Cityä. Pian Goone huomaa Zoruan karanneen, mutta Kodain suunnitelma säilyy entisellään, ja Zoroarkin hallinta onnistuu jatkossa illuusioiden avulla.

Pudotessaan maanpinnalle Zorua saa vihaisen Vigoroth-lauman peräänsä, mutta Ash, Dawn ja Brock saapuvat paikalle pelastamaan Pokémonin tukalasta tilanteesta. Kumppanusten yllätykseksi Zorua pystyy kommunikoimaan heidän kanssaan telepaattisesti, ja se kertoo etsivänsä emoansa, näyttäen samalla uskomattomat illuusiokykynsä. Ash ystävineen lupaavat auttaa Zoruaa, ja yhdessä he kaikki suuntaavat kohti läheistä Crown Cityä. Samaan aikaan Kodain kiristämä Zoroark aiheuttaa kaaosta Crown Cityssä tuhoamalla kaupunkia Raikoun, Entein ja Suicunen muodoissa. Kaupungin suojelijat, oikeat Raikou, Entei ja Suicune, aistivat vaaran uhkaavan ja suuntaavat nekin kohti Crown Cityä. Kaiken lisäksi legendaarinen Pokémon Celebi on tullut vuosikymmenten jälkeen jälleen Crown Cityyn tuomaan kaupunkiin eloa ja voimaa, mutta Kodailla on muut asiat mielessään. Yhtäkkiä Kodai saa kohtauksen, ja näkee ripauksen tulevaisuudesta: kellon, joka näyttää lukua "0000"; Ashin, Dawnin, Brockin ja kaksi tuntematonta hahmoa, sekä aikavääristymän.

Kun Ash ystävineen ja Zorua saapuvat Crown Cityyn, he huomaavat kaupungin vanhan alueen evakuoinnin olevan käynnissä. Televisioissa pyörii ilmoitus, jossa Kodai leimaa Zoroarkin kaiken syypääksi. Zorua tunnistaa emonsa, ja tekee kaikkensa päästäkseen porttien ohi, tuhon keskelle. Väenpaljouden keskellä joukko tutustuu toimittajaan nimeltä Karl, joka auttaa heitä pääsemään joen poikki ja lähemmäs Zoroarkia. Samaan aikaan Kodai on tyytyväinen Zoroarkin tekosiin, ja nappaa sen Goonen avulla jälleen häkkiin ja vie mukanaan. Ash ystävineen ja Zorua saapuvat paikalle ja yrittävät paikantaa Zoroarkia. Samalla he huomaavat patsaan Celebistä, jolloin Karl kertoo Crown Cityssä olleen menneisyydessä erittäin huonot ajat, mutta Celebin avulla kaupunki saatiin jälleen vehreäksi. Yhtäkkiä Zoruan kimppuun hyökkää Mightyena ja Tangrowth, jotka myöhemmin paljastuvat olevan Karlin isoisän ja tämän ystävän Tammyn Pokémoneja.

Zorua herää Karlin isoisän kellopajasta, mutta rientää taas etsimään emoaan. Se karkaa aidan alitse, ja vain Pikachu ja Piplup pystyvät seuraamaan sitä. Aidan toisella puolen Zorua kohtaa joukon kaupungissa eläviä Pokémoneja, jotka purkavat vihaansa Zoruaan. Celebi ilmestyy ja rauhoittaa Pokémonit, ja ystävystyy Zoruan kanssa. Yhdessä Pokémonit lähtevät kohti kaupungin laitamilla sijaitsevaa suurta puuta. Samaan aikaan Kodai nappaa Ashin, Dawnin, Brockin ja Karlin häkkiin ja vie heidät tukikohtaansa. Tukikohdassa ystävykset kohtaavat Rowenan, joka paljastaakin olevansa peitetehtävässä, tavoitteenaan vesittää Kodain suunnitelmat. Hän vapauttaa ystävykset ja he lähtevät etsimään Kodaita, joka puolestaan etsii kuumeisesti näyssään esiintyvää kelloa.

Rowena paljastaa ystävyksille tietoa Crown Cityn menneisyydestä ja Kodaista. Muutamia kymmeniä vuosia sitten Kodai oli matkalla Celebin perässä, tavoitteenaan löytää Celebin luoma aikavääristymä. Hän löysi sen, ja imi siitä kaiken energian itseensä. Tämä antoi Kodaille kyvyn nähdä tulevaisuuteen, mutta aiheutti samalla tuhon Crown Cityyn. Nyt, kun Crown City on jälleen loistossaan ja Celebi uudestaan läsnä, Kodai haluaa etsiä aikavääristymän uudestaan ja imeä lisää energiaa itseensä ylläpitääkseen kykynsä nähdä tulevaisuuteen.

Suurella puulla Kodai yllättää Zoruan nappaamalla Celebin itselleen. Celebi auttaa Kodaita näkemään tarkemmin, missä aikavääristymä on. Uupuneena Zorua huutaa emonsa perään, jolloin Zoroark havahtuu ja onnistuu karkaamaan häkistään Kodain tukikohdasta. Matkalla pienokaisensa luokse Zoroark kohtaa kaupungin suojelijat, oikeat Raikoun, Entein ja Suicunen, jotka hyökkäävät sen kimppuun luullen tämän olevan kaiken pahan alku ja juuri. Zoroarkin taistellessa legendaarisia Pokémoneja vastaan, Ash ystävineen onnistuvat pelastamaan Celebin Kodain kynsistä ja vievät tämän Karlin isoisän pajalle. Sisällä kumppanukset miettivät seuraavaa siirtoaan, jolloin Rowena huomaa Kodain kiertäneen jo kaikki kaupungin kellot läpi löytämättä aikavääristymää. Kellot ovat Karlin isoisän käsialaa, ja hän muistaa, että yksi kello on vielä jäljellä - se sijaitsee Pokémon Baccer-stadionin liepeillä. Ystävykset pyrkivät suuntaamaan sinne, jotta Celebi saadaan aikavääristymään ennen Kodaita. Rowena, Karlin isoisä ja Tammy suuntaavat puolestaan Zoroarkin luokse, ja onnistuvat pysäyttämään kaupungin suojelijoiden hyökkäykset kohti Zoroarkia.

Ash ystävineen saapuu lähelle stadionia, kun Kodai ja Goone ilmestyvät. Dawn ja Brock jäävät hoitelemaan Goonen, jolloin Ash jatkaa matkaansa yksin. Kodai seuraa tiukasti Celebin perässä, ja saa tämän pysäytettyä. Celebi osoittautuukin olevan Zorua, joka käytti illuusiokykyjään. Ash ja oikea Celebi ovat aivan stadionin läheisyydessä, kun Kodai yllättää jälleen. Hän saa joukon pysäytettyä, ja lähestyy aikavääristymää, kun Zoroark ilmestyy. Uupuneena Zoroarkista ei ole vastusta Kodaille, jolloin tämä pääsee imemään energian aikavääristymästä.

Kun kaikki toivo tuntuu hävinneen, Zoroark virnistää ja aika alkaa vääristyä. Käy ilmi, ettei Kodai ole lähelläkään oikeaa aikavääristymää - kaikki olikin Zoroarkin luomaa illuusiota! Karl ystävineen saapuvat paikalle, ja saavat Kodain alakynteen. Kodai karkaa stadionille, jonne läsähtää uupuneena. Samaan aikaan Zoroark on heikossa kunnossa, ja lyyhistyy elottomana maahan. Epätoivoinen Zorua luo illuusion kodistaan ja huutaa emonsa perään. Samalla Celebi lennähtää aikavääristymän sisään, ja palaa pian täynnä eloa ja voimaa. Se käyttää voimiaan Crown Cityn entisöintiin ja Zoroarkin parantamiseen. Tämän jälkeen Celebi hyvästelee joukon ja valmistautuu matkustamaan ajassa.

Tilanteen rauhoituttua Ash ystävineen ovat satamassa. He vilkuttavat laivan kannella oleville Rowenalle ja Karlille, sekä illuusioiden peittämille Zorualle ja Zoroarkille, jotka matkaavat yhdessä kohti omaa, rauhallista kotisijaansa.