Elokuvat

Mewtwo puetaan haarniskaan ja sitä käytetään häikäilettömästi hyväksi Rakettiryhmän rikollisiin toimiin. Pian Mewtwo kyllästyy ja karkaa Giovannin käsistä. Se palaa sille kyseiselle saarelle, missä se alunperin luotiin. Mewtwo vannoo kostoa kaikille niille, jotka ovat häirinneet sen elämää. Todistaakseen olemassaolonsa Mewtwo haluaa tuhota Pokémonin, josta se sai alunperin alkunsa: Mewn.

Ash, Misty ja Brock nauttivat lounasta samalla kun Mewtwo tarkkailee heitä - kuten myös Rakettiryhmä. Yllättäen Dragonite saapuu ystävysten luokse ja toimittaa heille erikoisen kutsun saarelle nimeltä New Island. Kumppanukset matkaavat PokéCenteriin huomatakseen muitakin saarelle lähteviä kouluttajia. Merellä riehuu voimakas myrsky, mutta se ei estä kouluttajia suuntaamasta kohti New Islandia.

Kun Ash sekä muut saapuvat vihdoin saarelle, he kohtaavat Mewtwon. Mewtwo kertoo kouluttajille ihmisten olevan heikkoja ja röyhkeitä hallitessaan maailmaa, mutta ihmettelee myös Pokémoneja, koska ne ovat lyöttäytyneet ihmisten seuraan. Mewtwo johdattaa kouluttajat suurelle stadionille kamppaillakseen heitä vastaan omilla klooni -Pokémoneillaan. Ashin ja muidenkaan kouluttajien Pokémoneista ei ole niihin mitään vastusta. Mewtwo ilmoittaa kloonaavansa kouluttajien Pokémonit ja lähettää matkaan joukon erikoisia Poképalloja. Nämä Poképallot kaappaavat kouluttajien Pokémonit kloonattavaksi. Ashin Pikachu on viimeinen pallolta selviytynyt ja yrittää päästä karkuun. Ash puolustaa Pikachua, mutta lopulta se vangitaan palloon. Ash kaappaa kiinni pallosta ja seuraa sitä läheiseen laboratorioon.

Laboratoriosta löytyy laite, joka kloonaa juuri kaapatut Pokémonit. Ash estää pallon, jossa Pikachu on, joutumista koneeseen ja samalla aiheuttaa siihen oikosulun. Samalla jo kloonatut Pokémonit suuntaavat kohti luojaansa Mewtwota. Mewtwo vaatii saada tietää laitteen oikosulun aiheuttajan, ja Ash ilmestyy paikalle. Lähistöllä leijaileva Mew kuulee voimakkaan hälinän ja ilmestyy Mewtwolle kertoen, ettei klooni pysty voittamaan alkuperäistä. Mewtwo tulistuu ja aloittaa taistelun Mewta vastaan. Myös klooni -Pokémonit alkavat ottelemaan alkuperäisiä vastaan.

Ash kauhistuu nähdessään tämän, ja juuri kun Mewtwo ja Mew valmistautuvat viimeisiin iskuihinsa, Ash ryntää Pokémonien väliin. Sekä Mewtwon että Mewn voimakkaat iskut osuvat Ashiin muuttaen hänet kiveksi. Ottelustadion hiljenee järkytyksestä, ja Pikachu yrittää elvyttää Ashia hyökkäyksillään. Huomatessaan Ashin elettömyyden, Pikachu alkaa vuodattaa kyyneleitä, ja pian myös muut Pokémonit. Kyyneleet herättävät Ashin taianomaisesti henkiin.

Mewtwo pistää tämän merkille ja toteaa, että voimakkuudella ei ole väliä: molemmat, sekä alkuperäiset että kloonit, ovat arvokkaita. Mewtwo kertoo Ashille etsivänsä paikan, jossa voi elää rauhassa klooni -Pokémoniensa kanssa. Lähtiessään Mewtwo pyyhkii tapahtumien muistot kouluttajien mielistä. Ash ja kumppanit heräävät pian laiturilta ilman mitään muistikuvia New Islandin tapahtumista.

Togepi nukahtaa, mutta herää pian neljän Pokémonin ääneen: Raichun, Cubonen, Marillin ja Snubbullin. Pikachu pyytää Pokémoneja olemaan hiljempaa, mutta nelikko ääntelee vielä kovemmin. Togepi suuntaa puunrungolle, joka alkaa pyörimään ja päätyy lopulta läheiseen uima-altaaseen. Togepi pääsee turvallisesti puunrungolta Pikachun valvovan silmän alle.

Squirtlella ja Bulbasaurilla on ongelmia kovaäänisen Pokémon-nelikon kanssa. Pokémonit alkavat kisata keskenään teemapuiston herruudesta. Squirtle ja Marill aloittavat uintikisalla, jonka Marill voittaa Squirtlen suureksi yllätykseksi. Kisailu jatkuu, mutta Pikachu ei kestä enempää. Kaiken kukkuraksi Raichu alkaa kiusaamaan Togepia päästelemällä pieniä kipinöitä poskistaan, jotka pelottavat Togepia. Pikachu halaa pienokaista, mutta lopulta molemmat, sekä Pikachu että Togepi, saavat Raichulta kunnon sähköiskun. Pikachu tulistuu ja liittyy itsekin kisailuun, aloittamalla kunnon voimamittelön Raichun kanssa. Posket vastakkain Pikachu ja Raichu aiheuttavat sekasortoa, herättäen muun muassa Rakettiryhmän Meowthin, Arbokin ja Weezingin sekä astuen Charizardin hännän päälle. Tästä vihastuneena Charizard alkaa jahtaamaan kaksikkoa, mutta ne ovat sille liian nopeita. Lopulta voimamittelö päättyy, kun Snorlax tekee siitä lopun. Hälinän keskellä sekavaksi tullut Charizard saa päänsä jumiin kiipeilytelineeseen.

Pikachu ja muut Pokémonit yrittävät vetää Charizardin päätä ulos telineestä, mutta Charizardin panikointi vaikeuttaa asiaa. Kun Charizard alkaa vuodattamaan kyyneleitä, Pikachu pyytää apua kovamaineiselta nelikolta, joka tähän asti seurasi vain vierestä. Kaikki muut nelikon jäsenet tulevat apuun, paitsi Cubone, jonka luonteeseen kuuluu vain itsestään huolehtiminen. Myöhemmin Cubonekin tarjoutuu auttamaan ja lopulta Charizard saadaan irti telineestä - yhteisvoimin.

Pokémonit korjaavat yhdessä myös vaurioituneen telineen ja pitävät loppupäivän hauskaa keskenään. Auringonlaskun aikaan Pokémonien kouluttajat kutsuvat niitä takaisin. Pikachu palaa Ashin luokse, mutta ennen sitä kättelee Snubbullia uuden, monen mutkan kautta muodostuneen ystävyyden johdosta.